Beaucoup reprochent au journal sa position trop anti-impérialiste (souvent à l’encontre d’Israël) par rapport à d’autres sites.
Le journal est fier de son indépendance. Son rédacteur en chef, Abdel Bari Atwan, a gagné en notoriété pour avoir interviewé Oussama Ben Laden. Al-Quds Al-Arabi a été le premier journal à publier ses fatwas, bien qu’ils désapprouvent Al-Qaeda et leurs méthodes. Beaucoup reprochent au journal sa position trop anti-impérialiste (souvent à l’encontre d’Israël) par rapport à d’autres sites.