Une fois que l'accord aura été ratifié par le Japon et que les deux parties se seront mutuellement notifié l'achèvement de leurs procédures internes, il pourra entrer en vigueur.
L'accord commercial entre l'UE et le Japon est entré en vigueur le 1er février 2019. Le 31 janvier 2024, les deux parties ont signé un protocole incluant des dispositions relatives aux flux de données transfrontières. Une fois que l'accord aura été ratifié par le Japon et que les deux parties se seront mutuellement notifié l'achèvement de leurs procédures internes, il pourra entrer en vigueur.