Les modifications des débits des cours d'eaux dues à la sécheresse peuvent également avoir une incidence sur la navigation intérieure et la production d’énergie hydroélectrique.
En Europe, les cours d’eau prennent généralement leur source dans des zones montagneuses, et 40 % de l’eau douce provient des Alpes. Toutefois, l’évolution de la dynamique de l'enneigement et des glaciers ainsi que des régimes de précipitations peut entraîner des pénuries d’eau temporaires dans toute l’Europe. Les modifications des débits des cours d'eaux dues à la sécheresse peuvent également avoir une incidence sur la navigation intérieure et la production d’énergie hydroélectrique.