C’est ainsi que lors des présidentielles de 2007, Antoine Waechter appelle à voter pour François Bayrou.
Pour émerger, le MEI tente des alliances depuis plusieurs années. C’est ainsi que lors des présidentielles de 2007, Antoine Waechter appelle à voter pour François Bayrou. En 2009, le MEI décide de participer aux Européennes sous la bannière de l’ Alliance écologiste indépendante qui regroupe Génération Ecologie et La France en action. En novembre 2009, Antoine Waechter annonce que le MEI rejoint la dynamique d’Europe Ecologie en Alsace à l’occasion des élections régionales et est élu au second tour, après avoir accepté une fusion avec la liste du Parti socialiste. Le MEI n’est désormais plus membre de l’ Alliance écologiste indépendante. A partir de 2010, le parti d’Antoine Waechter noue des alliances électorales ponctuelles avec EELV et aussi Cap21. Fin 2015, le MEI des Pays de la Loire a noué une alliance électorale avec Debout la France, le parti de Nicolas Dupont-Aignan, notamment pour «la résistance des valeurs de la famille face aux idéologies», expliquant que «le MEI des Pays de la Loire avait participé à La Manif pour Tous au moment de la crise du mariage gay». En 2007 comme en 2017, le MEI a échoué à réunir les 500 parrainages nécessaires pour pouvoir présenter Antoine Waechter à l’élection présidentielle. En 2019, le MEI fait alliance avec Génération Ecologie au sein d’Urgence Ecologie en vue des Européennes. Pour les municipales de 2020, le MEI a conclu un accord avec EELV et plusieurs autres petits partis ( Alliance écologiste indépendante, Génération Ecologie et CAP21/LRC).