Elle l’avait proscrite dans les ordres religieux, en particulier chez les Franciscains, qui contournaient toutefois l’interdiction en invoquant le caractère naturel de leurs démarches.
Les deux chapitres suivants traitent de l’alchimie médiévale occidentale aux XIIIe–XIVe siècles. Les manuscrits grecs enrichis et commentés dans le monde musulman, redécouverts en Occident, inspirent les travaux de nombreux savants : Albert le Grand, Roger Bacon, Thomas d’Aquin, Raymond Lulle, Arnaud de Villeneuve… On voit donc qu’il y avait parmi eux d’éminents ecclésiastiques. Pourtant l’alchimie a parfois été condamnée par l’Église catholique qui redoutait le faux-monnayage et la magie. Elle l’avait proscrite dans les ordres religieux, en particulier chez les Franciscains, qui contournaient toutefois l’interdiction en invoquant le caractère naturel de leurs démarches. Une place spéciale est accordée à Paracelse, médecin fortement influencé par le Corpus Hermétique, livre d’Hermès Trismégiste traduit par Marsile Ficin en 1460. En adoptant complètement le premier aphorisme de la Table d’émeraude(« ce qui est en haut est comme ce qui est en bas »), Paracelse théorisa l’existence des « arcanes », semences invisibles des choses, utiles pour lier les astres – d’où viennent toutes les puissances – aux corps terrestres. Il préconisa donc d’extraire ces « arcanes » des substances minérales par des cuissons, des dissolutions, des purifications, des distillations... Sa médecine rencontra un certain succès auprès de populations lassées de l’échec des soins prodigués à l’époque. Elle se basait sur trois principes actifs : le Mercure, le Soufre et le Sel, qui étaient en correspondance avec l’Âme, l’Esprit et le Corps.