Les repères de mise au point pour l'infrarouge dépendent en partie du filtre et de la pellicule utilisée, il est de ce fait de toute façon nécessaire de faire des tests.
Une particularité de la photo infrarouge tient dans la mise au point : la focalisation de la lumière infrarouge est décalée par rapport à la lumière visible à cause de sa longueur d'onde différente[8] ; la mise au point doit donc être décalée. Si la plupart des objectifs à mise au point manuelle pour reflex 35 mm ou moyen format disposaient d'un repère de mise au point spécifique (un point, une ligne, un diamant, souvent accompagnés de la lettre 'R'), les objectifs autofocus récents n'en disposent plus. La difficulté est que les autofocus ne peuvent pas fonctionner puisqu'ils sont aveuglés par le filtre. Il faut donc placer l'appareil sur trépied, faire le point manuellement, puis visser le filtre pour prendre la photo. En l'absence de repère de mise au point, Il vaut mieux fermer le diaphragme pour maximiser la profondeur de champ et éviter les sujets flous (par contre, les problèmes de diffraction empêchent de fermer au-delà de f/16 ou f/22). Les repères de mise au point pour l'infrarouge dépendent en partie du filtre et de la pellicule utilisée, il est de ce fait de toute façon nécessaire de faire des tests. Seuls les objectifs apochromatiques (APO) modernes ne sont pas sensibles à ce décalage[8]. Enfin, les objectifs sont calculés pour être optimaux face à la lumière visible, sont alors moins bien adaptés aux longueurs d'onde de l'infrarouge. En conséquence, la qualité d'une photo infrarouge sera inférieure à celle d'une photo sur le spectre visible[8].