Un maître en arts martiaux transformé en rat va les former aux arts martiaux et à l'art du Ninja.
Quatre tortues deviennent humanoïdes suite au contact d'une étrange substance chimique : le mutagen. Un maître en arts martiaux transformé en rat va les former aux arts martiaux et à l'art du Ninja. Ils vont ainsi devenir des combattants hors-pairs et lutter contre la bande à Schredder.