Si la longue tradition d'expérimentation pratique de l'alchimie suscita l'admiration des scientifiques, ceux-ci relevèrent également une faiblesse notable.
Une autre faiblesse des alchimistes était leur manque général de méthode; ce qui comptait pour eux, c'était le résultat d'une expérience. La nouvelle science du début de la période moderne, proposée par des personnalités aussi influentes que Francis Bacon (1561-1626), était beaucoup plus axée sur des méthodes précises et systématiques et sur l'observation factuelle, utilisant des instruments précis tels que le télescope et le microscope, entre autres, laissant derrière elle les expériences magiques, mystiques, ésotériques et aléatoires des alchimistes qui, après tout, restaient singulièrement infructueux dans leurs tentatives. Si la longue tradition d'expérimentation pratique de l'alchimie suscita l'admiration des scientifiques, ceux-ci relevèrent également une faiblesse notable. Contrairement aux alchimistes, les scientifiques devaient, selon Bacon et d'autres, aborder leurs expériences sans aucun préjugé théorique quant aux résultats éventuels de ces expériences. En outre, la recherche scientifique exigeait désormais que les détails des expériences soient communiqués ouvertement et testés par des collègues indépendants et, surtout, critiques dans ce domaine particulier.