उपयुक्त तापमान पर भंडारण के अलावा निम्न विशिष्ट प्रक्रियाओं को भंडारण में प्रयोग किया जा सकता है।
सामान्य सिद्धांत - तोड़कर इकट्ठा करते मस्य, भण्डारण में तथा प्रसंस्करण में इस बात का पूर्ण ध्यान रखना चाहिए कि जैविक कृषि उत्पाद अन्य उत्पादों के साथ न मिल सकें प्रमाणीकरण कार्यक्रम के अंतर्गत वांछित सफाई, तथा अभी उपकरणों के निष्कीटन के लिए मानक निर्धारित कर प्रक्रिया तो नियमित किया जा सकता है। उपयुक्त तापमान पर भंडारण के अलावा निम्न विशिष्ट प्रक्रियाओं को भंडारण में प्रयोग किया जा सकता है।