प्रसंस्करण में उपकरणों की शुद्धता, कच्चे माल का स्रोत तथा प्रक्रिया में प्रयोग किए जाने वाले तत्वों या योजकों का उपयोग मानकों के अनुरूप होता है।
अन्य प्रक्रियाओं जैसे प्रसंस्करण, भंडारण तथ परिवहन का भी प्रमाणीकरण इसी प्रकार किया जा सकता है। प्रसंस्करण में उपकरणों की शुद्धता, कच्चे माल का स्रोत तथा प्रक्रिया में प्रयोग किए जाने वाले तत्वों या योजकों का उपयोग मानकों के अनुरूप होता है। भंडारण में यह सुनिश्चित किया जाता है कि जैविक उत्पाद अन्य उत्पादों के साथ न मिलने पाए और उनकी सुरक्षा केवल अनुमत पदार्थों के प्रयोग से हो तथा किसी भी स्तर पर जैविक उत्पाद प्रतिबंधित रसायनों के सम्पर्क में न आयें।